De kerkgeschiedenis van Assen gaat zeker terug tot aan het begin van de 17e eeuw. De kerkdiensten werden toen gehouden in de Abdij- of Kloosterkerk (de Oude Kerk). Deze kerk was het vroegere bedehuis van het verdwenen klooster Mariëncamp. Het inwonertal van Assen groeide en de Oude Kerk werd te klein. Verscheidene uitbreidingen werden gedaan, maar in 1840 werd hard gewerkt aan de realisatie van een nieuwe kerk.
De kosten voor de nieuwbouw werden begroot op f 44.000. De kerkgemeente moest zelf f 10.000 betalen. Het stadsbestuur betaalde f 10.000 voor de Oude Kerk en f 24.000 kreeg men van het Rijk. Alle stukken en rekeningen die met de bouw van de kerk te maken hebben, zijn terug te vinden in het Rijksarchief te Assen. De koperen windvaan die werd aangeschaft, kostte f 16!
De kerk werd ontworpen door ing. Spaan van Waterstaat en Publieke Werken. Dit ministerie was in die tijd verantwoordelijk voor de bouw van kerken. Deze zogenaamde Waterstaatskerken staan onder andere in Borger, Gieten, Odoorn en Bovensmilde. De Jozefkerk is in zijn soort een zeer uitbundige kerk geworden.
Het terrrein waarop de kerk gebouwd werd, lag aan de Groote Broeklaan en langs de laan van mevrouw Collard. Het prominente gebouw domineerde de omgeving en de verschillende omringende straten kregen dan ook toepasselijke namen als Kerkstraat, Torenlaan en Kerkplein.
Op 30 april 1848 vond de officiële opening plaats van de Nieuwe Kerk, de huidige Jozefkerk. Het was een sobere plechtigheid zonder zang en kopermuziek. Het orgel werd van de Oude naar de Nieuwe Kerk overgebracht. Het was een bijzonderheid dat er in de kerk geen speciale banken werden geplaatst voor de burgerlijke overheid.
De kerk werd in 1910 door bliksem getroffen, de toren brandde grotendeels af. Het kerkbestuur wist de schade aan het kostbare orgel te beperken. In 1911 kon de herbouw van de toren worden gerealiseerd. Een speciaal comité werd opgericht om te zorgen dat er een uurwerk in de nieuwe toren werd geplaatst.
In de dertiger jaren van de vorige eeuw vond een ingrijpende verbouwing plaats. Het interieur werd een kwartslag gedraaid. De preekstoel kwam aan de kant van de Collardslaan. In de zeventiger jaren bleek de torenrestauratie van 1911 minder deugdelijk uitgevoerd. De toren ging meer en meer uit het lood staan waardoor instortingsgevaar dreigde. In 1979 werd het gevaar zelfs zo groot dat de toren naast de kerk werd geplaatst. Men had inmiddels ook de nodige mankementen aan de kerk ontdekt, waardoor een tweede ingrijpende verbouwing noodzakelijk werd. Op 4 juli 1982 werd de kerk opnieuw in gebruik genomen. Op 31 oktober 2002 is het jaartal 1848 in goudkleurige Romeinse cijfers op de voorgevel van de Jozefkerk aangebracht: MDCCCXLVIII. Op 1 december 2002 is een dooprol in gebruik genomen. Hierop staan de namen van de dopelingen vanaf 1 januari 2000.
Klik hier voor informatie over het van Dam-orgel.